NOëL3 mission on the line （以下 NOëL3）では RTOS を書き換えられてしまうイベントまでは NOëL NOT DiGITAL（以下 NOëL1）を模した画面となっているため、それらを比較します。
NOëL1, NOëL3 ともに、コントローラ (SCPH-1010 等) とマウス (SCPH-1030) に対応しています。
NOëL1 はマウスカーソル（高倉さん）をコントローラの十字キーで動かす方式です。
NOëL3 にはマウスカーソル（高倉さん）は存在せず、コントローラの十字キーでフォーカスを当てる要素を切り替える方式です。つまり、アナログ入力方式でなくデジタル入力方式です。
NOëL1 では、マウスを使うことにより、 Windows や mac のような操作感で、 NOëL1 の GUI を操作できます。
NOëL3 でも、マウスに対応していますが、マウスを接続してもマウスカーソルが出現したりしません。マウスのボールをある程度転がすことにより、次の要素にフォーカスを移動させる方式です。 マウスを奥方向にスライドさせると上、手前方向にスライドさせると下、同様に左右にスライドさせると左右にフォーカスが移動します。UI がコントローラのデジタル入力に特化しているため、マウス操作はオススメしません。
スクリーンショットを用いて、各RTOSを比較します。
起動画面の主な差異は RTOS のバージョンです。 RTOS が 1.00 から 1.02 にバージョンアップされています。
| 場面 | NOëL1 | NOëL3 | RTOS の主な差異 |
|---|---|---|---|
| 起動画面 |  |  | RTOS のバージョン |
ビジュアルフォンの ID SELECT 画面の主な差異は、マウスカーソルの有無、時計（クロック）の有無、背景の球体や立方体の有無です。
| 場面 | NOëL1 | NOëL3 | RTOS の主な差異 |
|---|---|---|---|
| 代歩にフォーカス |  |  | 画面右上の時計の有無 |
| 恵壬にフォーカス |  |  | 同上 |
| 由香にフォーカス |  |  | 同上 |
ビジュアルフォンの留守番電話（以下、留守電）の主な差異は、マウスカーソルの有無、 ANSWERING MACHINE インジケータのデザイン、時計と Visual Phone 表記の有無、会話ボール関連の要素（ゲージとアカウント・パネル、ボイド、プールウインドウ）の有無です。
RTOS の差異とは言えませんが、代歩の留守電の画面構成（飾りつけ）と、恵壬の留守電の画面構成（カメラ位置）が異なります。由香の留守電は、ストーリーの都合上、 NOëL3 には存在しません。また、キャラクターデザインが異なり、それぞれ NOëL1 が阿部恒、NOëL3 が入江泰浩です（敬称略）。
| 場面 | NOëL1 | NOëL3 | RTOS の主な差異 |
|---|---|---|---|
| 代歩の留守電 |  |  |
画面左上の ANSWERING MACHINE のデザイン 画面右上の時計と Visual Phone 表記の有無 画面下部の会話ボール関連の要素の有無 |
| 恵壬の留守電 |  |  | 同上 |
| 由香の留守電 |  |  | NA |
ビジュアルメールの主な差異は、マウスカーソルの有無、セレクトアローの有無、メッセージ表示時の閉じるボタンのフォーカス時の図と地の着色対象、再生時の「PLAY」「再生中」の文字列の有無、再生中の再生ボタン（▶）の着色の有無です。
NOëL1 と NOëL3 の両方に存在するビジュアルメールはありませんので、選択画面ではひとつめのビジュアルメール同士 (VACATION と INVITATION) を比較します。ビジュアルメールの再生中の画像は、 NOëL3 の INVITATION の服装にできるだけ似た服装の NOëL1 の EXCURSION の1シーンを比較対象としました。
| 場面 | NOëL1 | NOëL3 | RTOS の主な差異 |
|---|---|---|---|
| 選択 |  |  | 画面右のセレクトアローの有無 |
| メッセージ |  |  | 画面中央のメッセージ右下の閉じるボタン（▲）の色 |
| 再生中 |  |  | 画面右上の Play 再生中の表記の有無 画面左上の再生ボタン（▶）の着色の有無 |
NOëL3 ではネットワークエージェントには遷移できません。
NOëL3 ではコマンドパネルには遷移できません。
NOëL1 (RTOS 1.00) には存在しなかった機能が NOëL3 (RTOS 1.02) に、いくつか追加されています。
ビジュアル・メール着信の通知が画面右上に表示されます。このときには日時が表示されます。
添付ファイルが自動的に解凍展開されます。その後、展開されたクリスマスパーティ招待状ファイルが実行されます。
強制着信で自動的にビジュアルフォンに移行します。
由香に電話をかけると通信障害で通信できませんが、通信障害の発生区域が提示されます。
PlayStation 内部のデータの処理の違いなので厳密にはゲーム上の RTOS の差異ではないのですが、 ボイドと留守電の表現方法が NOëL1 と NOëL3 で異なります。
NOëL1 のボイドはポリゴンで立体でしたが、 NOëL3 のボイドはビルボードで平面になりました。
NOëL1 の ANSWERING MACHINE はゲーム画面として PlayStation 上で構築された画面でしたが、 NOëL3 の ANSWERING MACHINE は STRファイル（Motion JPEG のストリーミング）の動画です。
以下余談になりますが、 NOëL3 では、由香に電話するとストーリー上の展開として OS を書き換えられてしまいます。
最短で開始から2分で OS を RT-OS Version 1.02 Plus Yuka Okano Custom UPDATE! に書き換えられてしまいます。 OS を書き換えられるとセーブ・ロード可能になります。
